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Text File  |  1995-03-04  |  1.4 KB  |  32 lines
  1. ************************
  2. * Rubredoxin signature *
  3. ************************
  4.  
  5. Rubredoxins [1] are small electron-transfer prokaryotic proteins. They contain
  6. an iron atom which is ligated  by  four cysteine residues. Rubredoxins are, in
  7. some cases, functionally  interchangeable with  ferredoxins.  As a pattern for
  8. these proteins we have selected a conserved  region  that  includes two of the
  9. cysteine residues that bind the iron atom.
  10.  
  11. -Consensus pattern: [LIVM]-x(3)-W-x-C-P-x-C-[AGD]
  12.                     [The two C's bind the iron atom]
  13. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  14. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  15.  
  16. -Note: in Pseudomonas oleovorans rubredoxin 2 (alkG) [2] this pattern is found
  17.  twice (that protein has two rubredoxin domains).
  18. -Note: rubrerythrin [3], a  protein  with  inorganic pyrophosphatase  activity
  19.  from Desulfovibrio  vulgaris  possesses  a C-terminal rubredoxin-like domain.
  20.  But this domain is too divergent to be detected by the above pattern.
  21.  
  22. -Last update: October 1993 / Pattern and text revised.
  23.  
  24. [ 1] Berg J.M., Holm R.H.
  25.      (In) Iron-sulfur proteins, Spiro T.G., Ed., pp1-66, Wiley, New-York,
  26.      (1982).
  27. [ 2] Kok M., Oldenhuis R., der Linden M.P.G., Meulenberg C.H.C., Kingma J.,
  28.      Witholt B.
  29.      J. Biol. Chem. 264:5442-5451(1989).
  30. [ 3] van Beeumen J.J., van Driessche G., Liu M.-Y., Le Gall J.
  31.      J. Biol. Chem. 266:20645-20653(1991).
  32.